functions.phpに下記コードを記述

register_nav_menus(
    array(
        'area1' => 'エリア1',
        'area2' => 'エリア2',
        'area3' => 'エリア3',
    )
);

管理画面「外観」>「メニュー」にメニュー位置が追加される

テンプレートの表示させたい箇所に以下のコードを記述

<?php wp_nav_menu( array('theme_location' => 'area1' ) ); ?>

チェックしたエリアに作成したカスタムメニューが表示される